區(qū)別一、面對的房屋類型不同
住房公積金貸款只能用于購買70年產權的住宅時使用，除此之外的商住等類型的房屋是不能申請公積金貸款的，商業(yè)貸款面對的房屋類型較為寬松，除了住宅之外，商住兩用房也可以申請。
首次使用公積金貸款購買自住普通住房的，建筑面積在144平方米(含)以下首付款比例不低于20%，建筑面積在144平方米以上的首付款比例不低于30%。
對已使用過一次公積金貸款并已結清購房貸款的繳存職工，為改善居住條件購買第二套自住普通住房的，建筑面積90平方米(含)以下商品房首付比例為20%，建筑面積90-144平方米(含)的首付款比例為30%;建筑面積在144平方米以上的首付比例為50%。同時放開180平方米以上面積住宅類房屋限制。
區(qū)別二：貸款性質和利率不同
公積金貸款是不以盈利為目的的政策性貸款，利率相對較低。而商業(yè)銀行貸款是以贏利為目的，利率高一些。
區(qū)別三：貸款額度和年限
區(qū)別四：貸款流程
1.公積金貸款
1）市屬：
2）國管：
2.商業(yè)貸款：
另外商業(yè)貸款可以選擇的還款方式非常多，在提前還款的問題上也更為自由、靈活。一般商業(yè)貸款在滿一年后，每年都可以提前還款。相比之下，公積金貸款的還款方式較為單一，以等額本息和等額本金兩種方式為主。此外，公積金貸款只有一次提前還款的機會。
（2）商業(yè)房貸主要通過銀行審批，決定權在銀行；公積金房貸則需要通過公積金管理中心審批，決定權在公積金管理中心，銀行只是執(zhí)行機構。
（3）商業(yè)房貸的利息是商業(yè)行為的盈利，歸相關的投資人，而公積金利息則是有政策規(guī)定用途，只能用于保障性住房建設。
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